Le projet propose une morphologie très structurée, stratifiée, comme plissée par le temps à l’instar du massif du Jura. La structure de l’ensemble est élaborée en béton ; poteaux préfabriqués très fins viennent rythmer les façades sur une trame serrée et soutiennent les différentes dalles avec l’aide de voiles béton aux niveaux inférieurs. Le béton garantit la pérennité de l’ouvrage par sa nature tandis que les grands espaces libérés par la trame de poteaux en façade assurent à l’édifice une plasticité fonctionnelle le préparant aux changements futurs. Au sein de cette enveloppe immuable, l’ensemble des cloisons et des menuiseries intérieures sont imaginées en bois, vivant, chaleureux et aisément adaptable.
Le dégradé structuré des 3 strates de toitures permet de libérer la lumière naturelle sur les espaces centraux et les circulations malgré la largeur importante de l’ensemble. Chaque partie du programme peut ainsi être desservie de manière qualitative et sans que la hauteur de l’édifice ne dépasse les 7,8 m à son point le plus haut.
Une dentelle de lames de bois régional vient habiller les façades vitrées, préservant les utilisateurs d’une exposition trop importante aux rayons du soleil et aux regards des passants tout en éveillant la curiosité de ces derniers. 
Un noyau central structure la distribution des espaces. Il héberge les sanitaires et les circulations verticales.
On retrouve au rez-de-chaussée les espaces d’accueil du public ainsi que les espaces de travail scientifique. Le premier étage concentre les locaux administratifs sur un plateau libre de poteaux, lui permettant un éventuel travail en open-space dans une future vie. Le sous-sol regroupe les lieux de stockage, mettant les collections à l’abri du temps. La liaison en sous-sol vers la villa Beucler permet de préserver l’indépendance de celle-ci et la continuité de son parc.